El patronat és l'òrgan de govern i d'administració de la Fundació, la representa i la gestiona, i assumeix totes les facultats i funcions necessàries per a la consecució dels fins fundacionals.
A més del Departament de Recerca i Universitats, en el patronat també hi estan representats el Servei Meteorològic de Catalunya, l'Institut Cartogràfic i Geològic de Catalunya, la Secretaria de Transició Ecològica del Departament de Territori, Habitatge i Transició Ecològica, el Consejo Superior de Investigaciones Científicas, la Diputació de Tarragona, l'Instituto Geográfico Nacional, els ajuntaments de Roquetes i Tortosa i l'Agència Estatal de Meteorologia.